Saint-Brais possède trois grottes situées à la jonction du plateau franc-montagnard et de l'extrémité occidentale de la vallée de Delémont (entre 950 et 1 000 m d'altitude). De 1935 aux années 1960, elles furent explorées par Frédéric-Edouard Koby. Il y fit diverses découvertes qui rendirent les lieux célèbres. En 1955, une incisive supérieure gauche d'un homme du Moustérien faisait de la grotte II le premier site suisse à livrer un reste humain néandertalien (vers 40000 à 35000 av. J.-C.). Elle constitue, avec le maxillaire de Cotencher, les deux seuls restes de cet hominidé retrouvés en Suisse. Cette dent était accompagnée d'une abondante faune pléistocène, notamment des ours des cavernes. La grotte I a livré quelques silex taillés et outils en os attribués d'une part à la fin de l'époque glaciaire (vers 10000 av. J.-C.), d'autre part au Néolithique. Les trois grottes ont fourni un important ensemble de céramiques de la fin de l'âge du Bronze moyen et du début du Bronze final (1450-1200 av. J.-C.).

Les habitants de la commune sont surnommés les « Chèvres »