La région autour de Courtételle était habitée à l’âge du fer puis à l’époque romaine, comme le témoignent les découvertes archéologiques des années 1970. Le 21 février 666, Caticus, duc d’Alsace, rencontra saint Germain et saint Randoald dans la basilique Saint-Maurice (nom pompeux donné à la petite église dressée au pied de la colline de Chaux, sur le territoire de la commune de Courtételle). Un jour de l’année 666, les deux religieux furent assassinés par les hommes de Caticus, alors qu’il regagnaient à pied le monastère de Moutier-Grandval. La tradition situe ce drame à la Communance (entre Courtételle et la ville voisine de Delémont). C’est le plus ancien souvenir historique de la vallée de Delémont. Lors de fouilles archéologiques sur le site de l’ancienne basilique Saint-Maurice, démolie en 1740, on a trouvé les fondations d’une église du Xe au XIIIe siècle ainsi que les vestiges d’une cour fortifiée.

Les habitants de la commune sont surnommés les « Guaiguelles », fiente de chèvre.