Courtemautruy est un hameau rattaché à la commune de Courgenay, dans le canton du Jura, dont l’histoire est marquée par la possession du domaine par l’Abbaye de Lucelle de 1147 à 1793, des tensions liées à la propriété de la forêt de Montagne d’Alle jusqu’en 1865, et l’arrivée de l’industrialisation grâce au chemin de fer en 1877. Le site archéologique du « camp de Jules César » sur le Mont-Terri, tout proche, témoigne d’une occupation humaine remontant au Néolithique. Le hameau abrite une chapelle dédiée à Saint-Eloi et Notre-Dame de Lourdes, dont la première version datait de 1783, ainsi que le moulin de Paplemont, qui possède une des plus grandes roues à aube de Suisse.