La région était habitée dès l’âge du bronze, comme en témoignent des poteries retrouvées au Roc de Courroux. Les restes d’une villa gallo-romaine et environ 150 tombes ont été mis au jour. La première mention écrite remonte à 1146, sous le nom allemand de Lütoltesdorf. Comme les autres villages libres de la seigneurie de Delémont, Courroux revint à l’évêché de Bâle en 1271. De 1793 à 1815, Courroux a appartenu à la France, dans le département du Mont-Terrible, puis dans celui du Haut-Rhin. À la suite d’une décision du congrès de Vienne, en 1815, la commune de Courroux a été attribuée au canton de Berne. Depuis le 1er janvier 1979, la commune fait partie du canton du Jura.Le 5 février 2012, Courroux refuse une fusion avec les communes du Val Terbi par 525 voix contre 481.

Les habitants de la commune sont surnommés les « Loups »