Le lieu est mentionné pour la première fois en 866, sous le nom de Randelana Cortis. Dès le IXe siècle, il appartient à la prévôté de Moutier-Grandval. De 1797 à 1815, Courrendlin a fait partie de la France, dans le département du Mont-Terrible, puis dans celui du Haut-Rhin. À la suite d’une décision du Congrès de Vienne, en 1815, Courrendlin a été rattaché au canton de Berne, au sein du district de Moutier. Durant les plébiscites ayant conduit à la création du canton du Jura, les habitants de Courrendlin ont toujours manifesté leur intention de faire partie du Jura. Mais comme la commune se trouvait dans le district de Moutier, ils ont dû se prononcer à une nouvelle reprise le 7 septembre, et ils ont confirmé leurs votes précédents. En 1976, la commune de Courrendlin était rattachée au district de Delémont.

Les habitants de la commune sont surnommés les « Piotches », les pioches