Au lieu-dit Courtes Méchielles, on a trouvé des tombes datant de l’époque mérovingienne. La première mention écrite du lieu remonte à 1147, sous le nom de Curfavro. Comme les autres villages libres de la seigneurie de Delémont, Courfaivre revint à l’Évêché de Bâle en 1271. Courfaivre s’est transformé à la fin du XIXe siècle en village industriel avec la création de l’usine de bicyclettes, de motocyclettes et de machines Condor en 1893. Après un siècle d’intense activité et de succès (nombreux sont les coureurs cyclistes ayant remporté des titres internationaux sur Condor !), elle n’employait encore qu’une quarantaine de personnes au début des années 2000. Le bâtiment a alors été repris par un fabricant de pièces d’aviation, sans grand succès puisque ce type de fabrication a été abandonné en mars 2012.

Les habitants de la commune sont surnommés les « Mergats », les matous.